Organisaatio
Suomen Akatemia on neljän toimikunnan, hallintoviraston ja strategisen tutkimuksen neuvoston (STN) muodostama kokonaisuus. STN toimii Akatemian yhteydessä.
Akatemian yleisistä toimintalinjauksista ja tavoitteista päättää Akatemian hallitus, joka myös kohdentaa tutkimusmäärärahat toimikuntien kesken ja eri tarkoituksiin.

Hallintovirasto
Akatemian hallintovirasto valmistelee ja toimeenpanee hallituksen, toimikuntien, strategisen tutkimuksen neuvoston, jaostojen ja pääjohtajan päätökset.
Hallintoviraston toimintaa johtaa pääjohtaja. Pääjohtajan lisäksi ylimpään johtoon kuuluvat yksiköiden johtajat. Akatemiassa on kolme yksikköä:
- toiminnanohjauksen yksikkö
- rahoitushakujen yksikkö
- vaikuttavuuden ja tiedepolitiikan yksikkö.
Hallintoviraston noin 110 akatemialaista
- hoitavat Akatemian hallintoa
- huolehtivat hallituksen ja toimikuntien asioiden valmistelusta, esittelystä ja päätösten toimeenpanosta
- valmistelevat tiedepoliittisia selvityksiä ja suunnitelmia
- osallistuvat kotimaisten ja kansainvälisten työryhmien toimintaan.
