Huippuyksiköiden laajat tutkimuskokonaisuudet uudistavat tutkimusta, kehittävät luovia tutkimusympäristöjä ja innovaatioita sekä kouluttavat uusia lahjakkaita tutkijoita suomalaiseen tutkimus- ja elinkeinoelämään.
Suomen Akatemia valitsee tutkimuksen huippuyksiköiksi uudistumiskykyisiä, tieteellisesti erittäin korkeatasoisia ja yhteiskunnallisesti vaikuttavia tutkimusyhteisöjä. Huippuyksikköohjelmassa uudistuminen toteutetaan uusien tutkimusaiheiden, menetelmien, lähestymistapojen ja tutkimusryhmien muodossa. Huippuyksikköohjelman isäntäorganisaatioiden kanssa toteutettava pitkäjänteinen yhteisrahoitus mahdollistaa riskin ottamisen ja uudet avaukset.
Akatemia valitsee huippuyksiköt kansainvälisten arviointien ja tutkimuspoliittisten näkökohtien perusteella kahdeksaksi vuodeksi. Ensisijaiset arviointikriteerit ovat tutkimussuunnitelman tieteellinen laatu, uudistuminen ja vaikuttavuus.
Huippuyksiköitä rahoittavat Suomen Akatemia, yliopistot ja tutkimuslaitokset. Lisäksi yksiköt saavat rahoitusta useista muista lähteistä.
