Programmen kan betona olika mål:
- stärkande av nya forskningsområden
- stödjande av forskning kring samhällsutmaningar
- nationellt och internationellt finansieringssamarbete
- stödjande av finländska forskares deltagande i internationellt samarbete och internationella utlysningar
- påverkansarbete, t.ex. inverkan på innehållet i internationella utlysningar.
Temana för akademiprogram kan uppkomma utifrån vetenskapliga utgångspunkter och utifrån för samhället viktiga behov som identifierats genom framsyn.
Besluten om nya akademiprogram och deras finansieringsbudgetar fattas av Finlands Akademis styrelse. Finansieringstiden inom ett akademiprogram är minst fyra år. År 2024 pågår 6 akademiprogram.