Kliinisen tutkimuksen rahoituksella vahvistetaan kliinistä tutkimusta ja edistetään kliinistä tutkijanuraa. Kliinisen tutkimuksen hanke rakentuu tieteellisesti korkealaatuisen ja kunnianhimoisen tutkimussuunnitelman ympärille, jota kolmen tai useamman tutkimusryhmän muodostama konsortio toteuttaa. Rahoituksella pyritään lisäämään hyvinvointialueilla työskentelevien tutkijoiden yhteistyötä yliopistojen, tutkimuslaitosten ja ammattikorkeakoulujen tutkijoiden kanssa. Kliinisen tutkimuksen rahoitus tuottaa uutta tutkimustietoa sosiaali- ja terveydenhuoltoon, sairauksien hoitoon, diagnostiikkaan, ennalta ehkäisyyn tai kaupalliseen toimintaan. Rahoitus myös parantaa kliinisen tutkimuksen osaamista laajasti eri erikoisaloilla rohkaisemalla kliinistä potilastyötä tekeviä lääkäreitä tai muita terveydenhuollon ammattilaisia osa-aikaisesti (20–50 prosenttia työajasta) tutkimustyöhön. Rahoitus nelivuotiskaudelle voi kattaa palkkauskuluja ja muita tutkimuskuluja.
Kliinisen tutkimuksen hankkeen koko konsortion ja sen osahankkeen johtajalla tulee olla tohtorin tutkinnon lisäksi muuta merkittävää näyttöä tieteellisestä työstä. Poikkeuksena on kliinistä potilastyötä osa-aikaisesti tekevä koko konsortion tai osahankkeen johtaja, jonka tulee olla tohtorin tutkinnon suorittanut lääkäri tai muu terveydenhuollon ammattilainen.