Genom att inleda olika forskningsprogram styr Finlands Akademi forskningen och finansieringen till vetenskapligt viktiga och samhälleligt betydelsefulla forskningsområden. Syftet med ett forskningsprogram är att höja forskningsnivån inom ett visst område, ta fram ny kunskap och främja mång- och tvärvetenskaplig forskning och internationella kontakter.
Det är Akademins styrelse som beslutar om att starta nya forskningsprogram. Akademin har år 2012 tio pågående forskningsprogram. Dessutom deltar Akademin i det sameuropeiska Östersjöforskningsprogrammet (2010–2016).
I ett forskningsprogram ingår och finansieras flera projekt. Finansieringen beviljas vanligen åtminstone för fyra år.
Det är viktigt att satsa på mångsidig utbildning och bildning för att medborgarna bättre ska kunna bedöma validiteten av experternas påståenden.
