Geenien analysointi entistä helpompaa

Uusi DNA:n määritysmenetelmä yksinkertaistaa geenien analyysin. Oligonukleotidivalikoivaksi sekvensoinniksi (OS-Seq) kutsutun menetelmän ansiosta DNA-määritys nopeutuu merkittävästi ja analyysi voidaan kohdentaa tautimekanismeihin vaikuttaviin tai biologisesti oleellisiin geeneihin. OS-Seq-menetelmässä kohdegeenien valinta tapahtuu suoraan sekvensointilaitteessa, jolloin näytteen esikäsittelytarve on vähäistä. Stanfordin yliopiston tutkimusryhmä osoitti menetelmän toimivuuden määrittämällä yli 300 tunnettua syöpägeeniä potilaan suolistokasvaimesta. Suomen Akatemia rahoitti tutkimusta.

Nature Biotechnology -lehdessä 23.10. 2011 julkaistu menetelmä soveltuu tehokkaaseen geenidiagnostiikkaan ja sairauksien taustalla olevien molekyylitason häiriöiden selvittämiseen. ”OS-Seq-menetelmää voidaan hyödyntää syöpäkasvainten mutaatioiden määrittämisessä sekä muun muassa perinnöllisten sydänsairauksien ja synnynnäisten kehityshäiriöiden geenivirheiden kantajien tunnistamisessa. Tautien geneettisen komponentin syvempi tietämys mahdollistaa tulevaisuudessa yksilöityjen tai tautiryhmään paremmin tehoavien hoitojen käytön”, kertoo tutkimusta tehnyt tutkijatohtori Samuel Myllykangas.

Jo aiemmin uudet molekyylibiologiset huipputeknologiat ovat mahdollistaneet ihmisen perimän selvittämisen tehokkaasti ja nopeasti. Nykyään DNA-sekvenssiä pystytään lukemaan laitteilla, joiden tiedonkeruukyky on moninkertainen aikaisempiin menetelmiin verrattuna. Sekvensointilaitteiden nopeasta kehittymisestä huolimatta ihmisen koko perimän lukeminen varsinkin potilaiden hoitoon vaikuttavien geenimuutosten selvittämiseksi on epäkäytännöllistä ja kallista. OS-Seq-menetelmän avulla sekvensointiteho voidaan joustavasti ja kustannustehokkaasti kohdistaa taudin hoidon kannalta keskeisiin geeneihin.

Samuel Myllykangas toimi 1.1.2009 – 31.5.2011 tutkijatohtorina Stanfordin yliopiston genomiteknologiakeskuksessa ja syöpätautien osastolla apulaisprofessori Hanlee Jin tutkimusryhmässä (dna-discovery.stanford.edu). Hänen tutkimustyönsä keskittyi kliiniseen käyttöön soveltuvien uuden polven sekvensointitekniikoiden kehittämiseen. Akatemian lisäksi Myllykankaan tutkimusta rahoitti Sigrid Juséliuksen säätiö.

Nature Biotechnology artikkelin tiedot:

Samuel Myllykangas, Jason D Buenrostro, Georges Natsoulis, John M Bell & Hanlee P Ji: Efficient targeted resequencing of human germline and cancer genomes by oligonucleotide-selective sequencing

Nature Biotechnology, advanced online publication: October 23, 2011. DOI (digital object identifier) numero 10.1038/nbt.1996

Lisätietoja antaa tutkijatohtori Samuel Myllykangas, Helsingin yliopiston biolääketieteen laitos, p. 050 343 9621, sp. samuel.myllykangas@helsinki.fi

Suomen Akatemian viestintä
tiedottaja Leena Vähäkylä
p. 09 7748 8327
leena.vahakyla@aka.fi

Seuraa meitä:
FacebookSlideshareTwitterYoutube
VAIHDE 029 533 5000
KIRJAAMO 029 533 5049
FAKSI 029 533 5299
   
SÄHKÖPOSTI etunimi.sukunimi@aka.fi
AUKIOLO Arkisin 8.00-16.15
   
HENKILÖHAKU »
YHTEYSTIEDOT, LASKUTUS  JA
REKISTERISELOSTEET»
KYSYMYKSET JA PALAUTE »