ELFI-päättelykone tehostaa simulointia

4.1.2017

Suomen Akatemian huippuyksikön tutkijat ovat onnistuneet rakentamaan päättelykoneen, jonka avulla todellisuutta voi mallintaa simulaattoreilla mahdollisimman hyvin, ja joka samalla voi mullistaa alat, joilla käytetään laskennallista simulointia. Laskennallisen päättelyn huippuyksikön (COIN) ja Aalto-yliopiston ja Helsingin yliopiston yhteisen tietotekniikan tutkimuslaitoksen (HIIT) kehitystyön tuloksena on syntymässä päättelykone, jonka avulla voidaan merkittävästi vähentää tuntemattomien parametrien arviointiin tarvittavien raskaiden simulaatioajojen määrää ja johon on helppo lisätä uusia päättelymenetelmiä.

”Laskennallinen tutkimus perustuu isolta osin simulointiin, ja simulaattorien parametrien sovittaminen dataan on keskeisen tärkeää, jotta simulaattori saadaan kuvaamaan todellisuutta mahdollisimman hyvin. Kehittämämme ELFI-päättelyohjelmisto tekee tämän aiemmin erittäin vaikean tehtävän mahdollisimman helpoksi: menetelmänkehittäjät saavat pienellä vaivalla uudet päättelymenetelmänsä laajaan käyttöön, ja muiden alojen tutkijat pääsevät hyödyntämään uusimpia ja tehokkaimpia menetelmiä. Avoimet ohjelmistot edistävät toistettavuutta ja avointa tiedettä”, kuvailee Aalto-yliopiston tietotekniikan laitoksen professori, COIN-huippuyksikön johtaja Samuel Kaski.

Avoimesti kaikkien saatavilla olevan ohjelmiston taustalla on bayesilainen päättely ilman uskottavuusfunktiota, jota pidetään yhtenä tilastotieteen tärkeimmistä innovaatioista viime vuosikymmenten aikana. Siinä simulaattorin ulostuloja verrataan todellisiin havaintoihin, ja satunnaisuuden vuoksi simulaatioajot joudutaan tekemään useampaan kertaan. Päättelyohjelmisto tehostaa tuntemattomien parametrien estimointia muun muassa bayesilaisella optimoinnilla, joka vähentää tarvittavien simulaatioajojen määrää useilla kertaluokilla.

Sovelluksia lääketieteessä ja ympäristötieteissä

Päättelykoneen käyttäjiksi kaavaillaan sellaisten alojen tutkijoita, joille perinteisesti käytetyt tilastolliset menetelmät eivät sovellu.

”Simulaattoreita voidaan soveltaa monella alalla. Esimerkiksi taudin simuloimisessa voidaan huomioida, miten tauti tarttuu ihmisestä toiseen, missä ajassa ihminen paranee tai ei parane, miten virus voi mutatoitua tai montako erilaista uniikkia virusmutaatiota on olemassa. Joukko simulaattoriajoja tuottaa siten todellista tilannetta kuvaavan jakauman”, kertoo professori Aki Vehtari.

ELFI-päättelykone on helppokäyttöinen ja skaalautuva, ja itse päättelyongelma voidaan määritellä helposti graafisen mallin avulla.

"Ympäristötieteissä ja sovelletussa ekologiassa käytetään simulaattoreita, tutkimaan ihmistoiminnan vaikutuksia ympäristöön. Esimerkiksi Suomen ympäristökeskuksessa (SYKE) on kehitteillä ekosysteemimalli, jolla tutkitaan ravinteiden kiertoa Saaristomerellä ja esimerkiksi maatalouden tai kalankasvatuksen kuormitusten vaikutusta leväkukintoihin. Näiden mallien parametrisointi ja niiden ennusteisiin liittyvä epävarmuuden arviointi on laskennallisesti haastavaa. Tulemme testaamaan ELFI-päättelykonetta näissä analyyseissa. Toivomme, että mallien parametrisointia pystytään päättelykoneen avulla nopeuttamaan ja parantamaan, jolloin johtopäätökset ovat paremmin perusteltavissa", kertoo apulaisprofessori Jarno Vanhatalo Helsingin yliopiston ympäristötilastotieteen tutkimuksesta.

Lisätietoa:

Artikkeli (SysBio): Fundamentals and Recent Developments in Approximate Bayesian Computation

Päättelykone löytyy verkosta osoitteesta http://elfi.readthedocs.io/.

Lähde: Aalto-yliopiston tiedote

Viimeksi muokattu 4.1.2017
Seuraa meitä:
FacebookSlideshareTwitterYoutube
VAIHDE 029 533 5000
KIRJAAMO 029 533 5049
FAKSI 029 533 5299
   
SÄHKÖPOSTI etunimi.sukunimi@aka.fi
AUKIOLO Arkisin 8.00-16.15
   
HENKILÖHAKU »
YHTEYSTIEDOT, LASKUTUS  JA
REKISTERISELOSTEET»
KYSYMYKSET JA PALAUTE »