Alarivi: professori Aila Lauha, professori Päivi Törmä (hallituksen varapuheenjohtaja), professori Arto Mustajoki (hallituksen puheenjohtaja), liiketoiminnan kehitysjohtaja, dosentti Aino Takala
Ylärivi: ylijohtaja, hallinto Ossi Malmberg, professori Tuula Tamminen, professori Paavo Pelkonen, pääjohtaja Markku Mattila (29.2.2012 saakka), professori Erkki Oja, ylijohtaja, tutkimus Riitta Mustonen (31.8.2012 saakka)
Suomen Akatemian ylin päättävä elin on kahdeksanhenkinen hallitus, joka vastaa Akatemian tiedepoliittisesta linjasta sekä tutkimusmäärärahojen jaosta tieteellisille toimikunnille. Hallitus antaa ohjeita ja määräyksiä tutkimusrahoituspäätösten perusteista ja valmistelusta sekä hakemusten arviointiperiaatteista sekä päättää mm. huippuyksikköohjelmista ja huippuyksiköistä, Finland Distinguished Professor Programme –rahoitusohjelmasta ja ohjelmaan valittavista hankkeista sekä akatemiaprofessoreista ja tutkimusohjelmista.
Valtioneuvosto nimeää Akatemian hallituksen ja tieteelliset toimikunnat kolmeksi vuodeksi kerrallaan. Valtioneuvosto pyrkii siihen, että hallituksessa ja toimikunnissa on monipuolinen ja korkeatasoinen tieteellinen asiantuntemus.
Hallitus voi siirtää kahden tai useamman tieteellisen toimikunnan alaan kuuluvan asian hallituksen asettaman jaoston käsiteltäväksi ja ratkaistavaksi.