Patogeenisten mikrobien ERA-NET-haku ratkeaa syyskuun lopulla

26.09.2008

PathoGenoMics on eurooppalainen tiederahoittajien ERA-NET -hanke, jossa tarkastellaan tauteja aiheuttavien bakteerien ja sienten genomitutkimusta. Suomen Akatemia ollut mukana PathoGenoMics alusta saakka eli vuodesta 2004 alkaen - kuten kahdessa toteutuneessa tutkimushaussakin. Meneillään olevan haun lopulliset valinnat tehdään syyskuun lopussa Lissabonissa.

”Jatkoon valittiin 22 hakemusta, mukana kuusi suomalaista tutkimusryhmää”, kertoo ohjelmapäällikkö Soile Juuti.

Alun perin kilpaan lähti 50 hakemusta, joiden joukkoon mahtui 14 suomalaista tutkimusryhmää. Haun kokonaisbudjetti on noin 14 miljoonaa euroa, jolla rahoitetaan lopulta noin 12–15 tutkimushanketta.

Alan tutkimuksen kärki Suomessa on terävä, mutta suhteellisen kapea. ”Huippuryhmiä ei ole kovin monta. Vaikka suomalainen tutkimus pystyy antamaan eurooppalaiselle yleistutkimukselle paljon, on ohjelmasta saatava hyöty vielä suurempi”, hän sanoo. ERA-NET -yhteistyön ansioista suomalaisille tutkijoille avautuu muun muassa mahdollisuus käyttää laitteistoja ja menetelmiä, joita ei muuten olisi helposti saatavilla.

Haasteen tiedonvälitys

Soile Juuti on toiminut myös Akatemian suomalais-ruotsalaisen Mikrobit ja ihminen -tutkimusohjelman ohjelmapäällikkönä. ”PathoGenoMics oli luonnollinen jatke Akatemian omalle tutkimusohjelmalle. Mukana on ollut osittain myös samoja tutkimusryhmiä.”

Uuden ERA-NET –haun teema koskee bakteerien ja sienten aiheuttamien sairauksien ehkäisyä, diagnostisointia, hoitoa ja seurantaa hyvinkin konkreettisesti.  PathoGenoMics jatkuu vuoteen 2012 saakka.

Hankkeen eräänä tavoitteena on ollut taudinaiheuttaja-mikrobeja koskevan tiedon välittäminen suurelle eurooppalaiselle yleisölle. ”Kun asioista pitäisi viestiä koko Euroopalle, ei tiedonvälitys ole kovin helppo asia.”

Geenikirjasto Saksaan

”Tutkimusryhmämme osallistui ensimmäiseen hakuun. Pääsimme mukaan konsortioon, jossa toimii 8 - 9 tutkimusryhmää ympäri Eurooppaa. Konsortion saksalainen koordinaattori on tehnyt työnsä tehokkaasti, kuten koko konsortio”, kertoo bakterologian professori ja tutkija Mikael Skurnik.
Skurnikin tutkimuskohteena on ollut viimeiset 30 vuotta yersiniabakteeri. ”Olen tutkinut laajemmin sitä, miten bakteerit aiheuttavat sairauksia. Yersinia on antanut siihen hyvän mallin.”

ERA-NETissä Skurnikin ryhmän tutkimus on keskittynyt RNA-intereferenssiin (RNAi), jossa pyritään vaimentamaan jonkun tietyn geenin toimintaa solussa. Jotkut tukijat pitävät RNA-interterferenssiä suurimpana edistysaskeleena terveydenhuollossa sitten antibioottien keksimisen.

Skurnik on mukana kehittämässä espanjalaisen ja saksalaisen tutkimusryhmän kanssa menetelmää, jossa yersinialla infektoidut ihmissoluviljelmien muutokset rekisteröidään robottitekniikan avulla.
Ajatuksena on, että laajoja RNAi-kirjastoja pystytään käyttämään automaattisesti. ”Varsinainen RNAi-kirjaston seulonta tapahtuu Berliinissä, jossa robotiikka ja muut tarpeelliset resurssit sijaitsevat”, hän kertoo.

Inhimillisen koon ERA-NET

Skurnik pystyi palkkaamaan ERA-NET-rahoituksella yhden post doc -tutkijan.  ”Kaikilla kollegoilla ei ole ollut näin ruusuista, vaan rahoitus on ollut paljon rajallisempaa.”

Skurknikin tutkimusryhmä ei päässyt uuden haun toiselle kierrokselle. ”Minulle kerrottiin, että tutkimusteemani ei sopinut tällä kertaa riittävän tarkasti hakuteemaan.”

Skurnik pitää ERA-NET-hankkeiden inhimillisestä koosta. ”Uskonkin, että ERA-NETeillä saadaan aikaan parempia tuloksia kuin joillakin EU:n mammuttiprojekteilla.”

Teksti: Tiina Ruulio

Lisätietoja:

ERA-NETeista

www.pathogenomics-era.net/