Tieteen- ja tutkimusala-arvioinneilla kehitetään tutkimusta ja tiedepolitiikkaa. Niiden kautta tiedeyhteisö ja tutkimuksen rahoittaja saavat palautetta. Arvioinnit herättävät keskustelua ja auttavat tutkijoita ja rahoittajia tunnistamaan mahdollisia ongelmia ja kehittämiskohteita.
Akatemian arviointitoiminta kohdistuu tutkimusjärjestelmään (A), omaan organisaatioon (B) ja sen toimintaprosesseihin (C). Arviointien tulokset julkaistaan pääsääntöisesti Akatemian julkaisusarjassa. Lisäksi tutkijoiden rahoitushakemusten arviointi on keskeinen osa Akatemian arviointitoimintaa. Vuosittain arvioidaan yli 4 000 hakemusta. Hakemusten laatua arvioivat ulkopuoliset, pääasiassa ulkomaiset asiantuntijat. Näillä arvioinneilla on keskeinen merkitys Akatemian rahoituksesta päätettäessä.
Suomen tutkimusjärjestelmässä Akatemian tehtävänä on laatia kerran tieteellisten toimikuntiensa kolmivuotisen toimikauden aikana katsaus tieteen tilasta ja tasosta Suomessa. Katsauksissa luodaan kattava kuva Suomen tutkimusjärjestelmästä ja tehdään kehittämisehdotuksia. Lisäksi yksittäisiä tutkimus- ja tieteenaloja arvioidaan erikseen tarvittaessa. Arviointiprosessilla ja sen tuloksilla on merkittävä vaikutus arvioidun alan arvostukseen ja kehitykseen.
Akatemian omaa toimintaa arvioidaan ulkopuolisin voimin säännöllisin väliajoin (organisaation kokonaisarviointi). Näitä arviointeja hyödynnetään Akatemian toiminnan kehittämisessä. Organisaation arvioinnissa voi tarvittaessa olla tavoitteena myös tarkemmin määritelty näkökulma, kuten esimerkiksi Akatemian tutkimusrahoituksen vaikuttavuuden arviointi.
Arviointi voi myös kohdistua joihinkin Akatemian strategisesti tärkeisiin toimintaprosesseihin. Esimerkiksi tutkimusohjelmien tavoitteiden toteutumista arvioidaan ohjelmien toiminnan aikana ja niiden päätyttyä.