Yleiskustannusosuus
Vuonna 2008 tai aikaisemmin tehtyihin tutkimusrahoituspäätöksiin sisältyy 12,5 %:n suuruinen yleiskustannusosuus, joka on tarkoitettu käytettäväksi tutkimuksen perusedellytyksiin. Organisaatio voi käyttää myönnetyn yleiskustannusosuuden kattamaan tutkimustyön välillisiä kuluja. Nämä ovat tutkimustyöstä aiheutuvia kustannuksia, jotka liittyvät työskentely- ja laboratoriotiloihin sekä laitteisiin ja palveluihin (myös atk-laitteet, tietoliikenne-, puhelin-, posti-, kopiointi- ja kirjastopalvelut). Jos organisaatio veloittaa vähemmän kuin 12,5 % yleiskustannuksiin, voidaan nämä varat käyttää hakemuksessa esitetyn tutkimussuunnitelman toteuttamiseen eli tutkimuksen välittömiin kustannuksiin, ja tästä sopivat hankkeen vastuullinen johtaja ja organisaatio keskenään.
Vuoden 2008 aikana tai aiemmin toteutettujen hakujen päätöksissä ei sovelleta kokonaiskustannusmallia. Mallia ei sovelleta vuonna 2008 avoinna olleisiin hakuihin, joista päätökset tehdään vuonna 2009. Näihin päätöksiin sisältyvä yleiskustannusosuus on suuruudeltaan 12, 5 %. Tällaisia hakuja ovat akatemiaprofessorin virat, akatemiatutkijan virat, varttuneen tutkijan palkkaus, tutkijankoulutus ja tutkijoiden työskentely ulkomailla, työelämässä olevien henkilöiden jatkokoulutus, tutkijoiden liikkuvuus työelämässä sekä tiedeakatemiat ja tiedepoliittiset yhdistykset. Myös elokuussa 2008 haettavina olleet tutkijakoulujen toimintamäärärahat jäävät mallin ulkopuolelle.
Vuoden 2009 aikana tai myöhemmin toteutettujen hakujen päätöksissä Suomen Akatemian rahoitusosuus on enintään 80 %, jolla Akatemia rahoittaa hankkeen kokonaiskustannuksia. Rahoitusosuutta sovelletaan yhtäläisesti hankkeen kaikkiin kustannuksiin eli sekä välittömiin että välillisiin kustannuksiin, myös yleiskustannusosuuteen. Akatemia antaa rahoitusmuodoittain tarkemmat ohjeet hyväksyttävistä kustannuksista