PROBPROT
Lactobacillus rhamnosus bakteerin probioottisten ominaisuuksien selvittäminen genomiikan, ekspressioproteomiikan, isäntäsoluinteraktomiikan ja immunoproteomiikan keinoin
Konsortion johtaja: Dosentti Nisse Kalkkinen, Helsingin yliopisto, Biotekniikan instituutti (http://www.biocenter.helsinki.fi/bi)
Hankkeen muut johtajat:
Dosentti Pekka Varmanen, Helsingin yliopisto, Peruseläinlääketieteen laitos (www.helsinki.fi)
Professori Tapani Alatossava, Helsingin yliopisto, Elintarviketeknologian laitos (www.helsinki.fi)
Hankkeessa mukana:
HANKKEEN KUVAUS:
Probiootisten bakteerien maailmanlaajuiset markkinat kasvavat jatkuvasti. Siitä huolimatta tällä hetkellä tiedetään yllättävän vähän mekanismeista, jotka tekevät tietyistä bakteerikannoista probioottisia. Myöskään niitä biologisia mekanismeja joita nämä bakteerit hyödyntävät selviytyäkseen elävinä teollisissa prosesseissa ja ruoansulatuskanavassa, tai joiden avulla ne ovat yhteydessä ympäröivään mikrobiotaan tai isäntään, ei ole systemaattisesti tutkittu. Genomisekvenssin määrittäminen on tärkeä ensiaskel, mutta vasta geenien toiminnan selvittäminen auttaa ymmärtämään miten geenituotteet vaikuttavat organismin fysiologiaan ja toimintaan. Verrattuna RNAn ilmentymistasotutkimukseen, solun proteiinien laajamittainen tutkiminen on huomattavasti vaikeampaa käytettävissä olevalla teknologialla. Solun toiminnan tutkimuksessa proteiinien tutkiminen on kuitenkin välttämätöntä, sillä proteiinit ovat solun toiminnallisia molekyylejä, kun taas RNA molekyyleillä on harvoin toiminnallista merkitystä.
Tämä projekti tähtää L. rhamnosus bakteerien kantakohtaisen probioottisen vaikutuksen aikaansaavien mekanismien selvittämiseen. Projektin päämääränä on systemaattinen ja kattava kartoitus L. rhamnosus bakteerin proteomista, erilaisten ja toisiaan tukevien geelipohjaisten ja ei-geelipohjaisten proteomiikkamenetelmien avulla.
Alaprojektit:
1) Solunsisäisen proteomin määrittäminen kolmesta ominaisuuksiltaan erilaisesta L. rhamnosus kannasta (L. rhamnosus GG, L. rhamnosus LC-705, L. rhamnosus 1/6) erilaisissa olosuhteissa.
2) Solun ulkopuolisen proteomin määrittäminen L. rhamnosus kannoista erilaisissa olosuhteissa.
3) L. rhamnosus proteomissa epiteelisoluadheesion aikana tapahtuvien muutosten tutkiminen.
4) L. rhamnosus bakteerin immunogeenisten pintaproteiinien määrittäminen.
Projektin yhteistyökumppaneina ovat Valio Oy ja Biotekniikan instituutin DNA-sekvensointilaboratorio.
Avainsanat: Probiootti, Lactobacillus rhamnosus, funktionaalinen genomiikka, proteomiikka, proteomi, sekretomi, isäntämikrobi vuorovaikutus, immunoproteomiikka