MEATMETAGE
Lihavalmisteiden psykrotrofisten pilaajamikrobiyhteisöjen metagenominen ja mikrobiviljelyyn perustuva tutkimus
Hankkeen muut johtajat: Dosentti
Petri Auvinen, Helsingin yliopisto, Biotekniikan instituutti (
http://www.biocenter.helsinki.fi/bi/dna-microarray)
HANKKEEN KUVAUS:
Nykyaikainen lihavalmisteiden tuotanto perustuu säilyvyyden lisäämiseen pakkaustekniikoilla ja kylmävarastoinnilla. Nämä käsittelyt mahdollistavat elintarvikkeiden logistiikassa ja kaupanpidossa tarvittavat myyntiajat. Pakkaustavan ja kylmäsäilytyksen vuoksi, lihavalmisteita pilaavat pääosin kylmässä kasvavat maitohappo- ja enterobakteerit.
Tämän tutkimusprojektin päätarkoituksena on käyttää uutta metagenomista lähestymistapaa pakattujen lihavalmisteiden pilaajamikrobien tutkimiseen. Metagenomiikalla voidaan lähestyä mikrobipopulaatiota bakteeriviljelystä riippumattomalla tavalla. Bakteeripopulaation DNA eristetään, kloonataan ja kloonit sekvensoidaan. Lisäksi voidaan kloonauksesta riippumatonta suoraa sekvensointia. Näin luodaan metagenomisia kirjastoja, jotka kuvaavat lihassa esiintyvää pilaajamikrobipopulaatiota. Näiden kirjastojen avulla voidaan tutkia lihan pilaantumisen kannalta merkittävien bakteerien käyttämiä metaboliareittejä sekä selvittää mikrobidiversiteettiä fylogenettisillä osoitusmenetelmillä, kuten 16S rRNA ja muut 'housekeeping' geenit. Metagenomisten kirjastojen ohella tässä tutkimusprojektissa luodaan viljelymenetelmään perustuva tunnistuskirjasto enterobakteereille sekä tutkitaan tämän bakteeriryhmän taksonomiaa, arvioidaan lihan marinoinnin kannalta merkittävien raaka-aineiden mikrobiologisia riskejä sekä tehdään uusi mikrobiologinen kriteeri lihavalmisteiden laadun osoittamiseen.
Tutkimustyö on yhteistyötä eläinlääketieteellisen elintarvikehygienian ja molekyylibiologian alojen välillä.
Avainsanat: lihavalmisteiden laatu, metagenomiikka, maitohappobakteerit, Enterobacteriaceae, mausteet, yrtit, marinointi, metabolia ja taksonomia