Huippuyksiköt 2000-2005
Ensimmäisessä huippuyksikköohjelmassa 2000-2005 Akatemia rahoitti 26 huippuyksikköä ja seitsemää tukitoiminto-organisaatiota. Akatemian rahoitus oli 54,8 miljoonaa euroa ja Tekesin 10,8 miljoonaa euroa.
- Alatalo, Rauno: Evoluutioekologia
- Alitalo, Kari: Syövän biologian tutkimusohjelma
- Astela, Jaakko: Signaalin käsittelyn tutkimusryhmä
- Bamford, Dennis: Rakennevirologian tutkimusohjelma
- Engeström, Yrjö: Toiminnan teorian ja kehittävän työntutkimuksen tutkimuskeskus
- Frösen, Jaakko: Antiikin ja keskiajan kreikankieliset asiakirjat, arkistot ja kirjastot
- Hanski, Ilkka: Metapopulaatiobiologian tutkimusryhmä
- Hupa, Mikko: Prosessikemian keskus
- Jalkanen, Sirpa: Soluliikenne
- Kaski, Kimmo: Laskennallisen tieteen ja tekniikan tutkimuskeskus
- Kellomäki, Seppo: Metsäekologian tutkimusryhmä
- Nevalainen, Terttu: Englannin kielen vaihtelun ja muutoksen tutkimusyksikkö
- Nieminen, Risto: Laskennallisen materiaalifysiikan tutkimusryhmä
- Oja, Erkki: Neuroverkkojen tutkimusyksikkö
- Paalanen, Mikko: Kylmälaboratorio: Fysiikan ja aivotutkimuksen yksiköt
- Palva, Tapio: Kasvimolekyylibiologian ja metsäpuiden biotekniikan tutkimusyksikkö
- Pihlajaniemi, K.:Kollageenitutkimusyksikkö
- Peltonen-Palotie, Leena: Tautigeenien tutkimusyksikkö
- Pulkkinen, Lea: Ihmisen kehitys ja sen riskitekijät
- Rauvala, Heikki: Molekulaarisen neurobiologian ohjelma
- Räisänen, Heikki: Varhaisen juutalaisen ja kristillisen ideologian muotoutumisen tutkimusyksikkö
- Söderlund, Hans: VTT:n teollinen biotekniikka
- Törmälä, P., Santavirta, S., Konttinen, Y.: Ohjatun kudosten uusiutumisen sekä lääke-, hammaslääke- ja eläinlääketieteellisten biomateriaalien tutkimusryhmä
- Vilenius, Matti: Hydrauliikan ja automatiikan laitos
- Wikström, Mårten: Helsingin bioenergetiikan tutkimusryhmä
- Äystö, J. & Manninen, M.: JYFL:n ydin- ja materiaalifysiikan tutkimuslaitos
Ohjelman yksikkökohtaisia rahoitustietoja löytyy Suomen Akatemian rahoituspäätöstilastoista hakuehdoilla Päätösvuosi: 2002, Haku: 2002 Huippuyksikköjen jatkorahoitus.
Huippuyksikköohjelmista 2000-2005 ja 2002-2007 on tehty yhteiskunnallisuuden vaikuttavuuden arviointi. Arviointiraportti on julkaistu Akatemian julkaisusarjassa 1/09.